为了尽快拿下大孤山，打开进军旅顺的门户，日军甚至动用了“凤翔”号航空母舰上的俯冲轰炸机，对大孤山主要阵地进行连续三天的轰炸，然而这样的空中支援仍然无法为他们带来地面胜利。最后，帝国大本营不得不从朝鲜抽调了号称“日本第一强兵”的海军陆战队第一旅团参与大孤山作战，终于在7月19日迫使中国守军退却到大孤山西南约20公里的花院、菩萨庙防御阵地。日军虽然在名义上取得了大孤山战役的“胜利”，却付出了比中**队惨重的多的代价，而且短时间内无法发动新的攻势。这一战充分证明了日本陆军的无能，陆军大臣东条英机不得不在备忘录中写道：“今后关键的作战任务，不得不请求海军陆战队和海军航空兵的支持，才能做到稳妥；虽然这对陆军来说是非常丢脸的，但也没有其他办法。”
日军在辽东迟迟没有进展，与日本陆军与海军的明争暗斗有很大联系。以东条英机、板垣征四郎为首的“陆军派”和以阿南惟几、山本五十六为首的“海军派”一直在不停地争夺战争资源和政治资源，早在对华战争爆发前，就发生了“海军制胜论”和“陆军制胜论”的冲突。山本五**将认为，中国的综合国力远在日本之上，如果日本想夺取辽东半岛、山东半岛等战略要地，就必须强调突然性，利用海军航空兵、海军陆战队的速度优势，在中**队还没来得及设置防御体系之前，在辽东半岛、山东半岛等地登陆。事实上，山本五十六的战略是非常高明的，如果日本在开战的第一周就用海军陆战队袭击旅顺、威海、烟台和其他港口城市，中国根本没有足够兵力来抵挡，也来不及修筑防御工事；但是，这样一个高明的战略，最终还是被日本陆海军的矛盾葬送了。掌握实权的首相近卫文麿、陆军大臣东条英机都是陆军的坚决拥护者，他们一定要把占领辽东和山东的荣誉留给帝国陆军，决不允许海军到处插手。包括裕仁天皇在内的大部分日本少壮派军官都认为，过去二十年海军的发展已经过于迅速了，陆军受到了压制，现在该轮到陆军为自己争取荣誉、写下光辉一笔了。结果日本陆军不仅没有赢得荣誉，反而被占据劣势的中**队狠狠扇了两耳光，所谓“一个月内攻取旅顺、威海”的诺言也成了千古笑谈。
进入7月下旬，日军在辽宁的数量优势已经不复存在，辽河集团军群每天都在扩大，除了空军和大口径火炮赶不上日军之外，其余每个方面都赶上甚至超过了日军。日本海军虽然加强了对渤海海峡的封锁，但要控制整个渤海湾仍然非常吃力，中国可以从渤海湾内侧向辽河下游运送物资，以小型舰队寻找日本封锁线中的空隙，然后伺机登陆。运送到辽宁的后勤物资损失比例很高，平均每1万吨物资中有4000吨沉入大海，3000吨不得不运回出发港，只有30%能够顺利登陆，但这30%的物资已经足够供应辽河集团军群继续作战。为什么日本海军在占据绝对优势的情况下仍然不能完全封锁渤海湾呢？主要还是因为海军“醉翁之意不在酒”，他们的眼睛早已盯向长江口、舟山群岛、台湾海峡乃至珠江口、北部湾等广阔海域，大部分航空母舰和战列舰都在执行封锁长江口和浙江沿海的任务，还有两支分舰队游弋在马里亚纳群岛和菲律宾群岛附近，既是为了保护日本的石油贸易通道，又是为了向美国、英国炫耀武力。日本帝国联合舰队司令山本五**将虽然出身海军，却对陆海军明争暗斗的局面深恶痛绝，他曾亲口对天皇说：“日本帝国根本没有什么统一的长远战略，陆军有陆军的战略，海军有海军的战略，总参谋部和外交部也有自己的战略，简直是一盘散沙，捏不成团。综观帝国这几个月的战争部署，真是越打越糟，这样下去总有一天要输掉战争。”然而裕仁天皇还是很乐观，他认为：“当前的困难只是暂时的，中国很快就会在苏联的压力之下输掉战争，我们的陆军稳扎稳打，稍微慢一点也无所谓，反正辽东半岛、山东半岛和舟山群岛已经被划入日本势力范围，苏联不会违背条约的。”
在消灭哈尔滨和长春两个包围圈之后，苏军本来应该趁势南进，一举攻克沈阳，并与华北方面军会师，然而此时苏军糟糕的后勤补给已经无力支撑他们继续前进了。具有讽刺意味的是，苏联空军此前对东北各大铁路线的狂轰滥炸，现在反而成为阻止苏军前进的重大障碍，每一处被炸毁的桥梁、隧道和车站都必须由工程兵抢修才能恢复使用，某些关键地段的铁路路基已经完全塌陷，工程兵不得不在附近铺设复线，耗费了大量的人力物力。从中苏边境到长春，苏军的补给线平均延长了500公里，最多的甚至延长1000公里，超过了德国进攻波兰时的补给线总长度；虽然苏军后勤部队的效率一直很高，铁路运输水平位居世界前列，但这样长的补给线也实在够他们受的了。
更糟糕的是，苏军赖以生存的西伯利亚大铁路现在也陷入了危机，因为西伯利亚的夏天终于姗姗来迟，融化的冻土和此起彼伏的暴雨给铁路路基造成了严重影响。过去半年多的时间里，西伯利亚大铁路经常是超负荷运转，所有的路基和桥梁都急需维修，然而在紧张的战争中实在抽不出人手进行维修。于是，当夏季的洪水爆发时，早已
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