这日见过洋商与百姓之后，阮元便即上疏道光，将广州火灾实情一一言明，并建议道光减免商人赋税，请求道光批准自己设立全新章程。道光看到阮元上奏，也很快批准了阮元的建议，两月之后，粤海关便即正式告知所有广州西洋商人，道光三年的赋税一律免除。而广州城西的重建工作，也有条不紊的开展了起来，直到这时，一些当日对阮元救火颇为不满，甚至恶意中伤的英美商人，才逐渐改变了对阮元的态度。但即便如此，许多素来不满清朝官府的东印度公司商人，依然对阮元抱有偏见。
不过，这时的阮元却无力再去了解这些洋商所念，因为就在入冬之际，虎门之外的伶仃洋上，又发生了一件大事。
“程中丞，你且将那伶仃岛之事再向我说明一遍，若是这件事果然为真，确有两个岛上百姓被枪击而死，那英吉利公行那边，我们也不得不去一趟了。”这时广东巡抚程含章已经到任，正在两广督院与阮元商议一件要事，看阮元的神情，这件事似乎颇为难解。
“是，我们收到的供词就是这样的。”程含章也拿着南海县事先录下的百姓供状向阮元道：“十一月二十一日时，有一艘名为‘塔巴沙’号的英吉利兵船驶抵伶仃岛，船上水手下船去找当地百姓，说是想要买些水粮。不想他们下船之时，还带了一只山羊，就在他们交易水粮的时候，那只山羊已经把当地百姓栽种的番薯吃掉了不少，而且，山羊啃食番薯之时又从土里挖出了一坛当地村民藏在地下的黄酒，山羊无知，竟将酒坛踢翻。当地百姓黄奕通、黄奕明兄弟眼看山羊顽劣，便不愿在交给水手水粮，而是想让他们赔偿番薯黄酒损失，就这样跟英吉利水手起了争执，双方都叫了人过来相互殴击，各有伤者。但二十二日早上，那些英吉利水手竟有又叫了帮手前来报复，而且这次他们带了枪，互殴之际，那黄奕明中了一枪，当场身亡，黄奕明女婿池大河见状，上前与英人搏斗，也被击中要害，听闻昨日也已身亡。此外，当地村民和英吉利水手，都有不少受了伤。”
“如此说来，英吉利水手因言语不合，与我伶仃岛百姓互殴，乃至向百姓开枪，致使二人身亡，这件事是确凿无疑了。”阮元听着程含章之语，清楚其中关键之处并无作假可能，便向程含章道：“程中丞，你现在就跟我去一趟英吉利公行，告知那边理事之人，英吉利水手无故上岸购买水粮，本已违背大清法度，更何况尚有如此互殴之事，他们既然不遵法令，那我们也需要依法严办了！”说罢，阮元便即命令袁三前去准备舆轿，不过片刻，阮元与程含章便即上轿，向英国商馆方向而来。
到了英国商馆，阮元也告知商馆之人暂时设立屏风，自己则在会客室屏风之后接见英国理事，这时清朝旧制，乃是官员不能直接接见西洋行商，必须得十三行商人周转，方才可以传达官府政令。先前阮元因命案前往“埃米莉”号，有刑案审讯事由，十三行火灾之日事出突然，不得不先行颁下谕令，这些都不算官员与商人直接交往，但这一次阮元所见乃是东印度公司的代表，是正式接见，便不得不依清制表示“回避”。很快，这时的东印度公司中国事务部主席阿姆斯顿便被请到了会客室里，与阮元隔着屏风对坐。阮元也当即向阿姆斯顿言道：
“那边英吉利大班，我这边已经将伶仃岛一事详情，托行商译成你等洋文，你应该已经观看清楚。本部堂要说的是，我大清早有旧制，若是你等西洋商人不遵法度，自当受我大清国法严惩，如今你等兵船水手与大清百姓互斗，致我百姓二人伤重而死，我自当依大清法度，暂时停止对你等的一切通商贸易之事！你且先去告知那艘兵船，让他们交出犯事水手，若是不交，那通商之事，恕我们不能接受了。”所谓“大班”，即是当时清朝官员对英国商人代表的称谓。
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