因为黄兴屡次生事，并打乱了袁世凯的计划，袁大都督下令向黄兴和他的党羽所在的汉阳发起进攻，给他一些教训。 更新最快而黄兴的主力部队，则是他同乡的湘军。他手下侦查到北洋军并未重兵镇守汉口，便派遣湘军第一协和湘军第二协，鄂军步兵第五协以及敢死队兵分三路进攻汉口。
彼时阴雨绵绵，尽管北洋军士兵都躲在民房里没有站岗，但是起义军抵达汉口的时候一个个冻得够呛。北洋军见状也毫不客气，立即对其中左路的湘军第二协采取包围战术，湘军第二协惊慌而退，并冲散了第二协后面的鄂军第五协第十一标，其他各路见状也纷纷退去。
黄兴组织的这一次偷袭，当真是赔了夫人又折兵，而他本人将此失败归咎于带队军官的无能，遂即斩鄂军第五协第十一标标统杨选青。杨选青是湖北人，起义前几天刚刚结婚，本来在家里休婚假，听闻武汉起义，立即参加了革命，没想到却因为湘军撤退冲散了他的队伍，反倒被黄兴给砍了头，挂在电线杆上，表示如果还有谁指挥不利，以此下场。
然而黄兴的警告反而引起了军中的不满情绪，是你黄某人的心腹湘军冲散了我们湖北人的军队，你反倒杀了我们湖北人的军官，许多湖北起义军选择了偷偷离开军队，回家种田去了。黄兴见湖北军队士气大跌，更加认为湖北人不善战，但他也知道自己杀了杨选青却不杀冲散杨选青的第二标统领，实在是有一些说不过去，于是挥泪杀了湘军第二协协统甘兴典。
尽管湘军大将甘兴典被杀，然而却丝毫没有让湖北新军有一丁点的感激执行，驻防在汉口的起义军士气大跌。
天晴之时，北洋军对汉口黄兴部队发起攻击，清军第一个进攻点便是鄂军驻防的三眼桥，鄂军上下接力抵抗，北洋军久攻不下随即退去。与此同时，北洋军另一部分对琴断口发起进攻，而驻防在琴断口的则是黄兴的心腹部队湘军第一协，只用了一个小时的时间，北洋军便占领了琴断口，湘军第一协就跑了。
随后北洋军猛攻三眼桥，但守军极其顽强，双方反复争夺，鄂军指挥官周决胜重伤不下火线。黄兴本以为鄂军必然会逃走，没想到逃走的却是自己的心腹，于是他下令湘军立即回援，务必守住三眼桥。黎元洪也深知三眼桥的重要性，随即派出鄂军第二协支援。
双方在三眼桥血战三天三夜，湘军协统刘玉堂被炮弹炸死后，湘军深感战胜不了北洋军，随即擅自逃走。湘军的撤退让三眼桥的鄂军独木难支，尽管黄兴以身作则，甚至手持步枪和指挥刀站在第一线指挥作战，只可惜北洋军越战越勇，越打越精，起义军死伤惨重，不得不从汉阳撤军。
汉口已失，汉阳又失，如今武汉三镇只剩下鄂军所在的武昌了。
诸败军聚于武昌召开会议，分析战败原因，黄兴作为指挥官自然首先发言，他认为军官不行，士兵不行，军火不行，建议放弃武昌，进攻南京。
湖北众人顿时大怒，张振武起身呵斥道：“武昌是我们首义之地，我们当与武昌共存亡，无论如何不能放弃。如果人说放弃武昌，当立即处斩。”随即拔出手枪，啪地一声放在桌子上，双目圆睁怒视同盟会的几个人。
黄兴见大家将矛盾指向他，只好请黎元洪私下说，自己愿意去上嗨请求援军，如果能够攻克南京，必定会带兵援助湖北，随即当夜狼狈离开，再也不给湖北革命添乱了。
尽管后世对黄兴的评价很高，认为他是革命领袖，认为他依靠着坚强的意志不断斗争，是革命旗帜，但是就军事指挥而言，他的能力只能指挥一个班。而国民党的前身同盟会，又是一个内斗内行外战外行的党派，排挤同僚的手段层出不穷，可是面对北洋军的时候始终没有任何办法。后世有史学家曾经为黄兴辩解说，黄兴面对的敌人都是非常强大的敌人，可是这话似乎忘记了
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