故的源头，或许还要追溯到清王朝对新疆展开统治之时。乾隆二十年到二十四年，乾隆经过两次准噶尔战争消灭了准噶尔汗国，此后南疆地区的首领“大和卓”博洛尼都和“小和卓”霍集占也因为反叛清王朝，很快被乾隆消灭，是为回部之战。此战之后，清王朝正式开展新疆建制，但博洛尼都之子萨木萨克却下落不明，乾隆曾经多次寻找萨木萨克踪迹，却一直杳无音信。
进入嘉庆时代，嘉庆认为清王朝在新疆的统治已经巩固，所以对萨木萨克之事便不再上心，当时新疆一名伯克玉努斯曾向嘉庆言及萨木萨克尚在人世，但时任伊犁将军的松筠却认为追索萨木萨克简直多此一举，直接上疏称大和卓并无后裔，此事便即不了了之。此后数年，萨木萨克在清朝之西的浩罕国年迈而终，与此同时，他却也留下了几个儿子，张格尔便是其中之一。
但直到嘉庆末年，张格尔除了一个“和卓后裔”的头衔，在新疆地区也并无势力，只是新疆地区尚有不少民众迷信旧日大和卓的统治，对于张格尔颇有认同，这根本不足以动摇清王朝在新疆的统治。可是嘉庆在位最后几年，在新疆的官员任免上却出现了一处重大失误，前任黑龙江将军斌静因为贪污，被嘉庆放逐新疆，由于斌静是宗室出身，嘉庆最后还是对他网开一面，让他降职担任喀什噶尔办事大臣，然而斌静却毫不悔改，在喀什噶尔任上，多有强抢民女，虐待百姓之事发生。而与此同时，许多清王朝册封的南疆伯克，也是一边对百姓横征暴敛，一边不遗余力讨好清王朝这些驻疆高官，百姓对于清王朝的统治开始逐渐不满，张格尔也抓住了这个机会。就在嘉庆去世数月之后，张格尔率领百余人进犯新疆哨卡，虽然很快就被击退，但这也是张格尔第一次公开对抗清王朝。
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