个人的第二座欧冠奖杯，梅西在这个赛季总共射进三十八球，更以九球成为欧联最佳射手。随后以最高姿态力压克里斯蒂亚诺·罗纳尔多夺得欧洲足球先生以及世界足球先生，同年为巴塞罗那赢得六冠王，实现了“前无古人，后无来者”的史上唯一大满贯。
2009-10赛季梅西进球数一场接着一场刷新。赛季末结算时，梅西一共上演了四次帽子戏法，其中包括了在2010年4月6日于欧冠四分之一决赛中主场对阵阿森纳，上演“大四喜”。最终分别以三十四粒入球与八粒入球雄崌西甲与欧冠射手榜首位，是为双料射手王，单季进球总数再创生涯新高，帮助巴塞罗那在西甲完成二连霸，完全奠定了新一代诺坎普国王的地位，但在欧冠四强败在国际米兰之下，未能卫冕成功，尽管如此梅西还是追平了罗纳尔多在1996年到1997的四十七球的记录。
梅西在季前的西班牙超级杯第二位回合，对阵塞维利亚上演帽子戏法。赛季第一轮，巴萨客场迎战桑坦德竞技，梅西开场三分钟便取得进球，但第二轮巴萨主场爆冷输给升班马埃尔库莱斯，虽然之后对阵马德里竞技取得进球，但因对方后卫严重犯规而休养两个星期。复出后的第一场对阵马略卡射进球，梅西的进球潮一发不可收拾，之后八场联赛攻进十个球，更奉献多个助攻。
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