在00/01赛季结束后不莱梅无力阻止皮萨罗到大俱乐部发展的决心，一时间来自国外的俱乐部皇马、巴塞罗那和国际米兰都对这位德甲当红新星虎视眈眈，在拒绝了这些俱乐部的邀请后，皮萨罗又婉言谢绝了多特蒙德的邀请，于2001年6月7日宣布加盟德甲豪门拜仁慕尼黑。
这一出色的成绩也让他成为拜仁慕尼黑的目标，2001年7月拜仁用八百万欧元买来了这位冉冉升起的新星，而皮萨罗来到不莱梅时的身价不过是一百五十万欧元。
来到拜仁后皮萨罗延续了不莱梅时期的良好势头，他在01/02赛季第二轮对沙尔克04的比赛中打进了在拜仁的处子球，秘鲁小子很快就得到了球迷们的认可，球迷们亲切地称他为印加之神，皮萨罗两个赛季打入三十七个进球，成为拜仁夺取02/03赛季联赛杯赛双冠王的重要一员。在拜仁的日子里，无论锋线搭挡是巴西人埃尔伯，还是荷兰射手马凯，皮萨罗都可以与他们很好地配合，最大限度地发挥拜仁的攻击力，无论球队成绩如何，他都是全队发挥最稳定的球员之一，几个赛季的进球数量也十分稳定。
拜仁在00/01赛季夺取冠军杯冠军后，欧战成绩逐年下滑，只能保证国内赛场的成绩。在拜仁皮萨罗的表现尚佳，不过这位秘鲁国脚却暴露出了状态不太稳定的弱点，常常会有一段时间的进球高峰期，随后又陷入低谷。但在04-05赛季中皮萨罗的状态却显得相当稳定，虽然由于受伤只参加了二十三场联赛，但仍然打进了十一粒进球，并在冠军联赛中表现出色，为拜仁晋级八强立下了赫赫战功，正是他的梅开二度帮助德甲巨人淘汰了阿森纳。
06/07赛季拜仁在联赛中发挥不佳，冬歇期炒掉了时任主帅马加特，虽然在冠军联赛1/8决赛淘汰了皇马，但也仅仅止步于八强，皮萨罗与拜仁的合同在那个赛季结束后到期，由于新合同的年薪，他拒绝与拜仁续约。
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